예장(통합)총회는 제99회 총회에서 로마 가톨릭의 영세 관련 안건과 생산적이고 미래지향적인안건들을 몇 가지 결정했다. 동 교단은 먼저, 미래 세대를 위한 교회학교용 교리 및 고재를 만화 등의 스마트폰 앱을 통한 개발을 추진키로 결의했으며, 대사회적으로는 정부 공공기관(행정부, 입법부, 사법부)에서 각종 행사난 축제, 건축기공식이나 지역축제 이름으로 제(祭, 제사)를 하는 것은 종교편향의 성격이 강하므로 관계 정부기관에 총회장 명의의 강력한 청원서 제출과 면담 등을 실시하고 더 나아가 한국기독교교회협의회와 연대 협력하여 대응하도록 했다.

 또한 대구 서남노회장 정혜창 장로(남명교회) 외 다수 노회가 헌의한 정부의 핵 정책과 원자력발전소 건설에 대하여 동 교단의 입장을 분명하게 밝히고 노후 원자력 발전소의 폐쇄를 촉구해 달라는 건과 관련해서는, 교단 차원에서 적극적으로 수명을 다한 원전의 폐쇄와 종합적인 정부의 핵정책에 대한 비판과 대안제시를 환경보전위원회를 통하여, 그리고 ‘핵 없는 세상 한국 그리스도인 연대’ 그리고 ‘기독교환경운동연대’와 협력하여 적극 대응하도록 결의했다.

 그리고 신학과 관련해서는 제89회 총회(2004년)에서 결의된 “천주교 영세 교인에 대한 세례문제(로마 천주교에서 영세를 받은 이들에게는 다시 세례를 주지 않고 입교하게 하는 것을 허락 함)”를 청원사항 1항의 6) “로마(천주)교회에 대한 연구보고서”에 근거하여, 영세를 본 교단이 세례로 인정하는 것에 대하여 재론하여 달라는 건을 심도있게 논의한 끝에 재론하여 결의하고 이를 이단사이비대책위원회에서 다시 연구하여 보고하기로 했다. 그러나 동 교단은 교단 산하 전 노회원들이 투표에 참여하는 총회 임원선거조례 및 시행세칙 개정안을 이번 총회에서 과반을 얻지 못한 가운데 폐기했다. 노회원들이 무기명 비밀 투표하는 선거제도는 25,000명의 노회원들이 선거를 참여하게 돼 문제가 발생할 수 있고 장로교 대의제도에 위배된다는 의견들이 많아 투표결과 과반을 얻지 못하고 부결됐다.

 또한 동 교단 헌법 제3편 권징편에 신설하려던 특별사면도 부결됐다. 헌법개정위원회에서 수임안건으로 지난 한 회기동안 연구하여 총회에 내놓은 특별사면 조항이 정치적으로 오용될 소지가 있다는 이유로 역시 폐기됐다.